南京医科大学教育发展基金会（英文名称为Nanjing Medical University Education Development，缩写为NJMUEDF）于2007年6月经江苏省教育厅和民政厅正式批准成立，属于非公募基金会。基金会为独立法人地位，独立行使法人权利，独立承担社会法律责任，具有公益性捐赠税前扣除资格。基金会由19名理事组成理事会。

    基金会旨在广泛联络社会各界，加强交流与合作，拓宽筹措办学资金，争取海内外社会团体和个人对南京医科大学教育事业的关心和支持，为培养优秀人才、推进协同创新、服务地方经济社会转型发展做出贡献。

    基金会的主要职责是接受和管理社会各界给予南京医科大学教育的捐赠，用于更新教学、科研、图书及信息设施，延揽中外名师，扶植新兴学科、实验室建设，奖励作出突出贡献的优秀教职工，奖励品学兼优及家庭困难的学生，资助优秀师生参与国际交流，以及一切有利于促进南京医科大学教育发展的项目。

    基金会保证捐增款的使用符合捐赠者意愿，坚持公开公正原则，并负责提供财务报告及项目实施情况报告。基金会已参加由江苏省民政厅组织的社会组织年检工作，2014年成功获得4A等级；并依法享有公益性捐赠税前扣税资格。